Come memorizzare al meglio le informazioni sull'ereditarietà in mongodb?

Potresti semplicemente memorizzare i tipi e i sottotipi in un array come questo:

doc1 = {
    "_type": ["animal"],
    "name": ...
}

doc2 = {
    "_type": ["animal","dog"],
    "name": ...,
    "barkFile": ...
}

doc3 = {
    "_type": ["animal","dog","poodle"],
    "name": ...,
    "barkFile": ...,
    "haircut": ...
}

Utilizzando questo modello, la query db.data.find({_type:"dog"}) restituisce sia doc2 che doc3.