Per aggiornare l'elemento di un array che è la variabile di un elemento Collection puoi fare questo:
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Ottieni l'array:
var arr =Events.findOne({_id:eventId}).confirms;
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Fai la tua operazione
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Aggiorna vecchio array con array modificato:
Events.update({_id:eventId}, {$set:{confirms:arr}});
In caso di problemi con il passaggio 2:puoi scorrere l'array controllando se this.person ===personId quindi impostare this.confirmed =isConfirmed &this.timestamp =new Date.
Potrebbero esserci modi per operare su array all'interno di Mongo, ma questo funziona di sicuro.