È possibile avere condizioni nella popolazione di mangusta

Puoi includere nel popolare where condizioni come:

Story
.find(...)
.populate({
  path: 'fans',
  match: { age: { $gte: 21 }},
  select: 'name -_id',
  options: { limit: 5 }
})
.exec()

Ecco la documentazione di Mongoose Populate