Puoi usare la notazione punto nelle chiavi di query per farlo, usando il $exists
operatore solo per verificare l'esistenza:
db.test.find({'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}})
Per trovare tutti i documenti che contengono quei file e rimuoverli:
db.test.update(
{'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}},
{'$pull': {'files': {'IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}}}},
multi=True)