Per farlo, devi passare al driver Ruby MongoDB.
Se ho capito correttamente la domanda, il comando exclude di Mongoid esegue un AND quando stai cercando un OR tra le clausole $ne e non esiste un metodo per farlo.
Questo è ciò che vorresti nella shell:
find({$or: [{flagged: {$ne: true}}, {saved: {$ne: true}}]})
In ruby, quella query è simile a questa:
query = {"$or" => [{"flagged" => {"$ne" => true}}, {"saved" => {"$ne" => true}}]}
Se ricordo bene puoi dire:
Model.collection.find(query)
dove la query è il documento che ho definito sopra e dovrebbe funzionare.