{"macID" : {$in : [1,2]}} non significa che stai cercando due documenti (con "macID" : 1 e "macID" : 2 ), significa che stai cercando documenti che hanno macID uguale a 1 o 2 .
Quindi upsert: true dice a MongoDB di creare un solo documento (non due).
È necessario fornire più richieste di aggiornamento (utilizzare bulkWrite
con updateOne non updateMany ).