Puoi usare UpdateMany
metodo dal driver MongoDB C# con posizionale tutto
operatore:
var filter = Builders<YourModel>.Filter.Exists(x => x.Students);
FieldDefinition<YourModel, bool> field = "Students.$[].IsNew";
var update = Builders<YourModel>.Update.Set(field, false);
Col.UpdateMany(filter, update);
EDIT:puoi usare .Exists()
come filtro per assicurarsi che Students
array è presente in tutti i documenti in fase di aggiornamento