Mongo. Interroga i documenti con un array i cui figli TUTTI devono corrispondere a una query

Puoi utilizzare $map per applicare la tua condizione per ogni shipment e quindi utilizzare $allElementsTrue all'interno di $expr per verificare se tutti questi elementi corrispondono:

db.shop_orders.aggregate([
    {
        $match: { shipments: { $exists: true, $ne: [] } }
    },
    {
        $match: {
            $expr: {
                $allElementsTrue: {
                    $map: {
                        input: "$shipments",
                        as: "shipment",
                        in: {
                            $and: [
                                { $eq: [ "$$shipment.status", "Delivered" ] },
                                { $lte: [ "$$shipment.deliveredAt", new Date("2018-07-28") ] }
                            ]
                        }
                    }
                } 
            }
        }
    }
])