Aggiornamento dell'elemento nell'array con ID univoco

Consulta i documenti per aggiornare un array. Il tuo codice dovrebbe assomigliare a:

server

Meteor.methods({
  'content.update.lastModified': function(contentId, peerId) {
    check(contentId, String);
    check(peerId, String);

    var selector = {_id : id, 'Peers.uniquePeer': peerId};
    var modifier = {$set: {'Peers.$.lastModified': 'Now'}};
    Content.update(selector, modifier);
  }
})

cliente

Meteor.call('content.update.lastModified', contentId, peerId);

Tieni presente che questo tipo di operazione deve essere eseguita in un metodo definito dal server perché, come hai scoperto, puoi aggiornare i documenti solo tramite ID sul client.