Si scopre che l'inserimento del database mongodb scaricato nella cartella sincronizzata tra la macchina host e la macchina virtuale ha causato qualche tipo di problema di autorizzazioni o di configurazione.
Quando lo estrai dalla cartella sincronizzata - che molto probabilmente ha il file Vagrant - e lo metti in una cartella che non è sincronizzata/condivisa, sembra funzionare bene. Ho pensato di salvare a qualcuno le 5 ore che ho perso :-)