struttura nidificata della query mongodb

Devi annidare il $elemMatch operatori in modo che corrispondano ai livelli nidificati dei tuoi array in modo che corrispondano all'elemento:

db.coll.find({
    "categories": { 
        "$elemMatch": { 
            "values": { 
                "$elemMatch": {
                    "$elemMatch": { "$in": ["A"] }
                }
            }
        }
    }
})