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MongoDB, Flask, aggrega con $unwind query

Puoi ottenerlo usando un $unwind e poi un $group con $push , in questo modo:

db.pitcrewdb.aggregate([
  {
    "$match": {
      "run_number": "1",
      "frames.frame_number": {
        "$gte": 2
      }
    }
  },
  {
    "$project": {
      "_id": 0
    }
  },
  {
    "$unwind": "$frames"
  },
  {
    "$match": {
      "frames.frame_number": {
        "$gte": 2
      }
    }
  },
  {
    "$group": {
      "_id": "$run_number",
      "frames": {
        "$push": "$frames"
      }
    }
  }
])

il $unwind distruggerà il tuo array e quindi filtrerai i risultati e dopo $group di nuovo

Oppure puoi farlo anche tu usando $filter

db.pitcrewdb.aggregate([
  {
    "$match": {
      "run_number": "1"
    }
  },
  {
    "$project": {
      "_id": 0,
      "frames": {
        $filter: {
          input: "$frames",
          as: "frame",
          cond: {
            $gte: [
              "$$frame.frame_number",
              2
            ]
          }
        }
      }
    }
  }
])