UTF8 è la codifica predefinita supportata da MongoDB e supporta tutti i caratteri (lunghezza byte variabile) incluso utf8-mb4 (vedi sotto per ulteriori dettagli). Probabilmente non stai convertendo i tuoi dati in UTF-8 prima di caricarli su MongoDB o non stai trattando i dati come UTF-8 durante il recupero dei dati.
Giusto per chiarire, l'implementazione originale "utf8" di MySQL era solo per un massimo di 3 byte mentre l'implementazione di MySQL chiamata "utf8-mb4" è in realtà lunga fino a 4 byte (come raccomandato dalla RFC ufficiale). Quindi utf8-mb4 in MySQL è lo stesso di UTF8 in MongoDB.
