Iterare sul cursore Mongodb dall'aggregato

Prova questo:

var cursor = User.aggregate([
    { $match: { _id: { $nin: req.decoded.username.connections } } },
    { $sample: { size: 10 } },
]).cursor().exec();

cursor.each(function(err, doc) {
    //do something with doc
});

Mongoose gestisce un aggregato all'oggetto cursore in modo diverso rispetto a Mongodb-native come hai pubblicato nel tuo link. Maggiori informazioni qui:documentazione del cursore aggregato mongoose