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Flask non carica la configurazione

Credo che il problema possa risiedere nel fatto che stai fornendo un oggetto Python a app.config.from_object quando si aspetta una stringa. Dai documenti:

app = Flask(__name__)
app.config.from_object('yourapplication.default_settings')
app.config.from_envvar('YOURAPPLICATION_SETTINGS')

http://flask.pocoo.org/docs/0.10/ config/#configurazione-da-file

Quindi nel tuo caso potresti voler fare qualcosa del tipo:

app.config.from_object('your_app.config.{}'.format(config_name))

dove config_name corrisponde all'oggetto nel tuo config.py.