Questa domanda potrebbe essere vecchia, ma stavo riscontrando lo stesso problema e ho trovato un'altra soluzione che potrebbe funzionare per altri.
Aggiungere ?authSource=admin alla fine del tuo MONGO_URI la variabile autenticherà le tue credenziali sul database dell'amministratore, anziché su quello a cui ti stai connettendo.
Esempio:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"
