Stavo riscontrando lo stesso problema con le istruzioni di MongoDB perché stavo usando il percorso relativo nella CLI per il mio mongo.cfg dopo essere passato al cestino MongoDB:
mongod.exe --config mongod.cfg --install
.
Invece dovevo specificare il percorso assoluto del file di configurazione:
mongod.exe --config "C:\Program Files\MongoDB\Server\3.0\bin\mongod.cfg" --install