Come menzionato nei commenti di @JuanCarlosFarah e @RobertMunn , GridFS sembra essere il migliore (e forse l'unico?) modo per inserire file nel db senza scrivere una piccola applicazione.
mongofiles -d myMongoDB -l myFileName.ogg --type audio/ogg put "The Name of my File in the Collection"
Vedi mongofiles per maggiori dettagli.