Matrice di filtri Mongo di matrice di matrice

Puoi provare sotto l'aggregazione

Fondamentalmente devi scorrere ogni array usando $map aggregazione e infine utilizzare $filter con l'ultimo.

db.collection.aggregate([
  { "$project": {
    "array1": {
      "$map": {
        "input": "$array1",
        "as": "a1",
        "in": {
          "array2": {
            "$map": {
              "input": "$$a1.array2",
              "as": "a2",
              "in": {
                "array3": {
                  "$filter": {
                    "input": "$$a2.array3",
                    "as": "a3",
                    "cond": { "$lte": ["$$a3.sampleId", 2] }
                  }
                }
              }
            }
          }
        }
      }
    }
  }}
])

Uscita

[
  {
    "array1": [
      {
        "array2": [
          {
            "array3": [
              {
                "sampleId": 1
              },
              {
                "sampleId": 2
              }
            ]
          },
          {
            "array3": []
          }
        ]
      },
      {
        "array2": [
          {
            "array3": [
              {
                "sampleId": 1
              }
            ]
          }
        ]
      }
    ]
  }
]