MongoDB
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MongoDB -- gran numero di database

Se utilizzi un database per utente e non c'è flusso di dati tra i database, non c'è limite, dal momento che puoi sempre mettere il database di un certo fat client sul proprio server.

Se stavi parlando di cluster frammentato, allora di nuovo penso che tu stia bene. Più database hai, più server di configurazione della memoria utilizzeranno. Quando il server di configurazione diventa troppo grande per la sua macchina, allora sai di avere un bel po' di database.