Ok, ho trovato la soluzione per ottenere la stringa base64 in un formato GUID all'interno del nodo, per convertirlo è necessario farlo:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
e ora posso interrogare il database in questo modo:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});