Puoi farlo definendo un'espressione di filtro parziale per il tuo indice univoco:
db.nodes.createIndex(
{ parent: 1, name: 1 },
{ unique: true,
partialFilterExpression: {
name: {$exists: true}
}
});
L'espressione di filtro esclude i documenti senza name dall'indice univoco.
