Posso confermare che è sicuramente qualcosa con il sistema operativo poiché ho aggiornato e sto riscontrando anche lo stesso identico problema. Attualmente sto scavando, se trovo qualcosa te lo farò sapere!
AGGIORNAMENTO:
Dopo aver fatto alcune indagini, sembra che abbia a che fare con la dipendenza Go utilizzata da MongoDB. Attualmente MongoDB utilizza la v1.4.2. Si scopre che ci sono problemi con le versioni precedenti di Go su macOS Sierra. https://github.com/golang/go/issues/16570 spiega che il problema è stato risolto con la v1.7. A meno che non ci sia un modo per far sì che MongoDB punti a Go v1.7, non sono sicuro che questo verrà risolto fino a quando MongoDB non aggiornerà le loro dipendenze.
AGGIORNAMENTO 2: Avevo intenzione di segnalare un bug con MongoDB relativo al problema finché non mi sono imbattuto in questo... https://jira.mongodb.org/browse/TOOLS-1450 . Sembra che MongoDB 3.2.10 utilizzerà Go v1.7 e dovrebbe risolvere i problemi che tu e io stiamo vedendo.
