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Indice Mongodb 2dsphere per campo array nidificato

Il documento che hai fornito mi sembra buono, ho anche fatto un semplice test con una versione breve del tuo documento e funziona per me.

"_id" : ObjectId("530cb07c009d8c323b477957"),
        "time_from" : ISODate("2014-02-25T15:02:20.714Z"),
        "checkin" : [
                {
                        "user_id" : 1,
                        "loc" : {
                                "type" : "Point",
                                "coordinates" : [
                                        73.43,
                                        42.22
                                ]
                        }
                }
        ]

db.testGeo.ensureIndex( { "checkin.loc" : "2dsphere"  } );

Quindi suggerisco di controllare altri documenti nella raccolta, alcuni potrebbero non essere corretti per l'indice. Assicurati inoltre che gli elementi dell'array di coordinate non siano stringhe. Perché questo documento non è valido per 2dsphere index:

"_id" : ObjectId("530cb07c009d8c323b477957"),
            "time_from" : ISODate("2014-02-25T15:02:20.714Z"),
            "checkin" : [
                    {
                            "user_id" : 1,
                            "loc" : {
                                    "type" : "Point",
                                    "coordinates" : [
                                            "73.43",
                                            "42.22"
                                    ]
                            }
                    }
            ]

Si prega di notare le virgolette per gli elementi delle coordinate che li rendono stringhe.

RISPOSTA AL COMMENTO: Mongo consente un solo indice geospaziale per raccolta. Quindi non devi specificare l'intero percorso del campo per il tuo runCommand. Il nome della raccolta è sufficiente. Questo dovrebbe funzionare per te se il nome della raccolta è checkin_20140222

db.runCommand( { geoNear: 'checkin_20140222', near: {type: "Point", coordinates: [73.43, 42.22]}, spherical: true, maxDistance: 40000})

Spero che ti aiuti!