La documentazione MongoDB spiega:
Poiché hai a che fare con documenti incorporati, non puoi imporre l'unicità a una proprietà all'interno dell'array di documenti incorporati dello stesso documento padre.
Tuttavia, quando successivamente provi a inserire un nuovo Customer con un utente che ha anche example@sqldat.com come indirizzo e-mail, riceverai un errore (ma solo durante il salvataggio, non quando usi .push() , perché l'unicità è imposta da MongoDB, non da Mongoose).