Presumo che il tuo problema sia che viene aggiornato solo un documento, giusto? Se questo è il caso, c'è un'altra impostazione che devi specificare nel terzo parametro (il parametro delle opzioni) per il metodo di aggiornamento:
multiple => true
In caso contrario, aggiornerà solo la prima corrispondenza della tua query. Vedere la documentazione per il metodo di aggiornamento su:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php