Non esiste ancora la funzione trova e modifica. Invece di findAndModify, dovrai eseguire un comando database generico per farlo:
$db->command(
array(
"findandmodify" => "counters",
"query" => array("_id"=> "total"),
"update" => array($inc=> array("total"=> 1)),
)
);
C'è un problema aperto su https://jira.mongodb.org/browse/PHP-117 per implementare findAndModify però.