Non credo che questo sia attualmente possibile. Penso che la soluzione migliore sia usare il campo uniforme senza fare riferimento all'indice dell'elemento. Tutti i valori dell'array verranno quindi scritti nel file csv e potresti riformattarli correttamente dopo l'esportazione.
mongoexport --db paul --collection team --type=csv --fields _id,official_name,common_name,country,championship,uniform --out "C:\path\to\outputFile\output.csv"