in realtà no. Questo comando (String) può eseguire qualsiasi tipo di comando del database mongo, non javascript arbitrario. Per quest'ultimo avresti bisogno di DB.eval() che bloccherebbe l'intero DB a meno che tu non stia utilizzando 1.7.2 mongo o versioni successive e l'opzione noblock impostata.
riferimenti:http://api.mongodb.org/java/2.4-rc0 /indice.html http://mongodb.onconfluence.com/display/DOCS/List +di+database+comandi