I documenti incorporati possono esistere solo come elementi in una matrice. In base alla progettazione, puoi chiedere a gli autori per le loro ragioni :)
Potresti voler usare un DBRef :
Person = new Schema
mother: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
father: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
(nota che non hai bisogno di add chiamata)
Consulta i documenti per populate/DBRef .