I nomi del database non sono gli stessi, è solo che uno contiene un carattere non stampabile che l'interfaccia javascript di mongo shell sta sopprimendo per te.
In mongo spetta al driver assicurarsi che l'utente non sia in grado di inviare dati non standard al server ma è stato dimostrato che BSON è straordinariamente flessibile in ciò che può memorizzare.
Dal momento che stai parlando di un intero database, il modo più semplice per risolvere questo problema sarebbe spegnere mongo e rimuovere i file del database. Puoi trovare dove si trovano quei file con db.serverCmdLineOpts()
comando.