Aggiorna l'array nidificato in Meteor

C'è un errore nella tua query in owners campo:

Territories.update({
         _id: template.data._id,
         owners: {
             $elemMatch: {
                 _id: this._id
             }
         },
         {
             $push: {
                 'owners.$.notes': {
                     title: "First Title"
                 }
             }
         })

Non potrai aggiornare direttamente dal lato client, perché utilizzi owners campo e solo _id È permesso. Per risolvere questo problema puoi aggiornare usando Meteor.methods e chiama quel metodo dal lato client.