Il driver restituisce ciò che il database ha come oggetto java.util.Date. Non sa nulla del fuso orario rappresentato dal tempo. Non memorizza il fuso orario da nessuna parte. Mongo Shell presenta sempre un valore orario come UTC.
Detto questo, se vuoi utilizzarlo nel codice della tua applicazione sempre come UTC, penso che ci sia un modo per dire alla libreria JODA di farlo:Fuso orario della data predefinito su UTC per DateTime di Jodatime
