MongoDB - L'operatore $setIsSubset non funziona con la fase di corrispondenza $

Dovresti usare $expr se vuoi usare $setIsSubset (che è un'espressione) all'interno di $match :

db.test.aggregate([
    {
        $match: {
            $expr: {
                $setIsSubset: [["hello", "you"], "$words"]}
            }
        }
])

Per le versioni MongoDB inferiori a 3.6 puoi utilizzare $redact :

db.test.aggregate([
    {
        $redact: {
            $cond: {
                if: { $eq: [ { $setIsSubset: [["hello", "you"], "$words"]}, true ] },
                then: "$$KEEP",
                else: "$$PRUNE"
            }
        }
    }
])