mongodb aggrega i valori dei documenti incorporati

Unwind scende solo di un livello, quindi devi chiamare tante volte quanti livelli hai se lo fai come

[ 
    { "$project" : { "text" : "$periods.tables.rows.text" , "_id" : "$_id"}},
    { "$unwind" : "$text"},
    { "$unwind" : "$text"},
    { "$unwind" : "$text"},
    { "$group" : { "_id" : "$_id" , "texts" : { "$addToSet" : "$text"}}},
    { "$project" : { "_id" : 0 , "texts" : 1}} 
]

Funzionerà come ti aspetti.