So che questo è vecchio, ma stavo incontrando il problema e mi sono imbattuto in questa domanda. Sono riuscito a risolverlo.
Il mio problema riguardava Ubuntu 18.04 e il tentativo di installare ed eseguire MongoDB 3.4/3.6.
Un problema era una directory /var/run/mongodb mancante con le autorizzazioni appropriate, l'altro era questo errore. Non sono ancora sicuro al 100% se questo errore fosse correlato alla directory o meno, ma aveva sicuramente qualcosa a che fare con le configurazioni.
Il mio mongod.conf ha finito per avere processManagement - fork impostato su true. Cambiarlo in false ha permesso che iniziasse a funzionare.