Puoi superare il limite di 2 Gb tramite lo sharding. Il limite di 2 Gb si applica ai singoli processi mongod, anziché ai dati totali nel set di dati frammentato.
Qui è una documentazione su come iniziare con lo sharding. C'è anche uno script Python per impostare uno sharded ambiente su una singola macchina . Presumo che funzionerà su Windows.
