Devi fare una query di intervallo. Crea un timestamp, ad esempio usando strtotime(), per ottenere il timestamp unix all'inizio della giornata e un altro e alla fine della giornata.
A seconda se vuoi che queste due estremità siano incluse o esclusive, puoi quindi utilizzare
// Both points/seconds inclusive
->find(array("date" => array('$gte' => $startOfDay, '$lte' => $endOfDay)));
// Both seconds exclusive
->find(array("date" => array('$gt' => $startOfDay, '$lt' => $endOfDay)));
Vedi http://cookbook.mongodb.org/patterns/date_range/