Tieni presente che mongodb può utilizzare un solo indice per query (non unirà gli indici insieme per creare una query su due campi con indici separati più velocemente).
Detto questo, se vuoi provare a verificare l'unicità, puoi fare una query dall'app prima di inserire (che risolve solo in parte il problema, perché c'è un divario tra quando si interroga e quando si inserisce).
Potresti voler votare su questo problema JIRA per gli indici filtrati, che probabilmente aiuterà il tuo caso d'uso: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785
