1. Sì, è corretto.
2. No, meglio dare a mongodb quanto più spazio possibile su disco (se mongodb può allocare più spazio della minore frammentazione del disco che avrai, l'allocazione di spazio aggiuntivo è un'operazione costosa). Ma se lo desideri puoi eseguire db.repairDatabase() dalla shell mongodb per ridurre le dimensioni del database.
3. Sì, puoi eseguire repairDatabase su un'istanza mongodb live (meglio eseguirla nelle ore di punta)