Ho appena trovato una soluzione e funziona perfettamente con me.
mongoose.connection.db.collection('player').updateOne(
{_id: mongoose.Types.ObjectId('56cb91sf34746f14678934ba')},
{$set: {name: 'Test'}}
);
Questa query non aggiornerà updatedAt
campo. Spero che tu abbia ancora bisogno di questo!