Mongoose seleziona i campi (nidificati)

Puoi utilizzare lo stesso stile di notazione dei punti nella select oggetto con Mongoose come fai nel tuo find esempio:

var fields = { 'properties.OBJECTID': 1, 'properties.TIMESTAMP': 1 };
var query = Feature.find({id: 1}).select(fields);

Puoi anche utilizzare una stringa di selezione dello stile Mongoose:

var query = Feature.find({id: 1})
    .select('properties.OBJECTID properties.TIMESTAMP');