L'opzione "notablescan", come menzionato da @ghik, ti impedirà di eseguire query lente a causa del mancato utilizzo di un indice. Tuttavia, tale opzione è globale per il server e non è appropriata per l'uso in un ambiente di produzione. Inoltre, non ti proteggerà da nessun'altra fonte di query lente oltre alle scansioni delle tabelle.
Sfortunatamente, non credo che ci sia un modo per fare direttamente quello che vuoi in questo momento. Esiste un ticket JIRA che propone l'aggiunta di un parametro di query $maxTime o $maxScan, che potrebbe aiutarti, quindi votalo:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-2212 .
