Come vengono ordinati i valori null in un indice MongoDB?

Se stai ordinando in modo decrescente e vedi null valori alla fine, quello sarebbe il comportamento predefinito dell'ordinamento.

Non c'è davvero molto da fare per cambiare questo comportamento, ma una soluzione alternativa che ti darà i risultati che stai cercando è fare due query invece di una:

db.Collection.find( { a: null } );
db.Collection.find( { a: { $ne: null } } ).sort( { a: -1, b: 1 } );