Come eseguire una query mongo aggregata usando json in una stringa?

Non sei lontano dalla soluzione:

La funzione di aggregazione accetta:.aggregate(List<DBObject>) Ma il JSON.parse che vuoi usare ti consente di digitare in esso, se hai un elenco nella tua query, quindi nessun problema

String query="[....}";
List<DBObject> q= (List<DBObject>)JSON.parse(query);
Iterable<DBObject> result=new MongoClient().getDatabase("db").getCollection("coll").aggregate(q).results();`

I risultati possono quindi essere ripetuti.