Mongo rimuove gli ultimi documenti

Dovresti essere in grado di utilizzare il _id per ordinare l'ultimo inserito, come indicato nella risposta qui :

db.coll.find().sort({_id:-1}).limit(100);

sembra l'utilizzo di limit sull'operazione standard di rimozione di mongo non è supportato, quindi potresti usare qualcosa del genere per eliminare i 100 documenti:

for(i=0;i<100;i++) {
    db.coll.findAndModify({query :{}, sort: {"_id" : -1}, remove:true})
}

Consulta i documenti per ulteriori informazioni su findAndModify .