Penso che findOneAndUpdate esegue un'operazione atomica, quindi suppongo che updateOne no.
Perché lo presumi?
findOneAndUpdate restituisce un documento mentre updateOne no (restituisce semplicemente il _id se ha creato un nuovo documento).
Penso che questa sia la differenza principale. Quindi il caso d'uso di updateOne è quando non hai bisogno del documento e vuoi risparmiare un po' di tempo e larghezza di banda.