Mongoose findOneAndUpdate Upsert _id null?

null è un _id valido valore in MongoDB, quindi se non vuoi che venga utilizzato nei nuovi documenti devi assicurarti che un null il valore viene sostituito con un nuovo ObjectID in query :

var query = {_id: plcy._id};
if (!query._id) {
    query._id = new mongoose.mongo.ObjectID();
}

// the rest stays the same...