Sono abbastanza sicuro che devi usare un MongoId oggetto, ad es.
$item = $collection->findOne(array(
'_id' => new MongoId('4e49fd8269fd873c0a000000')));
Le note nella pagina Interrogazione sono un po' ottuse ma menzionano...
A meno che l'utente non abbia specificato diversamente, il campo _id è un MongoId. L'errore più comune è tentare di utilizzare una stringa per abbinare un MongoId. Tieni presente che si tratta di due tipi di dati diversi e non si abbineranno allo stesso modo in cui la stringa "array()" non è la stessa di un array vuoto
