Qual è il modo consigliato per eliminare gli indici utilizzando Mongoose?

Per farlo tramite il modello Mongoose per la raccolta, puoi chiamare dropAllIndexes della collezione nativa:

MyModel.collection.dropAllIndexes(function (err, results) {
    // Handle errors
});

Aggiorna

dropAllIndexes è deprecato nella versione 2.x del driver nativo, quindi dropIndexes dovrebbe essere usato invece:

MyModel.collection.dropIndexes(function (err, results) {
    // Handle errors
});